厚生労働省は、2026年9月1日より、労働基準監督署（労基署）による時間外労働に関する指導方針を大きく転換します。これまで「まず月45時間以内に削減せよ」と一律に指導してきた方針を廃止し、企業ごとの実態と従業員の健康確保措置の実施状況を重視する方針へと変わります。

この変更は、政府が2026年7月21日に決定した「経済財政運営と改革の基本方針（骨太方針2026）」に基づくもので、働き方改革の推進と経済成長の両立を目指しています。

1. これまでの指導方針（旧方針）の問題点

これまで、労働基準監督署は時間外労働の削減指導において、「まず月45時間以内に下げなさい」という一律の指導を行ってきました。

しかし、業種や繁忙期によっては45時間以内に収めることが現実的に難しい企業も多く、現場の実態とかけ離れた指導になっているという声が経営者・労使双方から上がっていました。特に次のような業種では、一律削減指導が現実的でないという問題がありました。

• 繁忙期のある製造業・小売業・飲食業
• プロジェクト納期がある情報処理業・建設業
• 年度末・決算期に業務が集中する会計・金融業

2. 2026年9月1日から何が変わるか

（1）相談・支援体制の充実

全国の働き方改革推進支援センターに「専門相談窓口」が新設され、以下の支援が無料で受けられるようになります。

• 36協定の締結・特別条項の活用に関するアドバイス
• フレックスタイム制・変形労働時間制など柔軟な労働時間制度の導入支援
• 商工会議所・よろず支援拠点と連携した経営課題も含む総合相談
• 労働基準監督署との連携による企業への訪問支援

（2）監督指導の方針転換

以下のとおり、指導の焦点が「残業時間の長さ」から「健康確保措置の実施状況」へと移ります。

つまり、「時間の長さだけで判断するのをやめ、従業員の健康が守られているかを中心に見ていく」方向へ転換するということです。これは経営者にとって一定の柔軟性が生まれる一方で、健康確保措置の実施が厳しく問われることを意味します。

3. 「健康・福祉確保措置」とは何か

新方針の中心となる「健康・福祉確保措置」とは、36協定の特別条項（月45時間を超える時間外労働の協定）を締結する際に、労使で定めなければならない措置のことです（労働基準法第36条第6項）。

代表的な措置の例は以下のとおりです。

• 医師による面接指導（特に月80時間超の時間外労働者）
• 勤務間インターバルの設定（11時間以上の休息時間の確保）
• 深夜業の回数制限（例：月4回以内）
• 健康診断の実施（年2回以上）
• 連続休暇の付与（例：連続2週間以上の年次有給休暇）
• 心とからだの健康問題についての相談窓口の設置

4. 企業がすぐ取り組むべき3つのこと

① 36協定の内容を今すぐ見直す

現在の36協定に健康・福祉確保措置が具体的に盛り込まれているかを確認してください。特に特別条項（月45時間を超える協定）を締結している企業は、措置の内容が曖昧になっていないか点検が必要です。毎年更新の機会（有効期間は最長1年）に内容を改善しましょう。

② 健康確保措置の実施記録を整備する

医師面接指導の記録、勤務間インターバルの実績ログ、健康診断の記録など、措置を実施した証拠書類を整備・保管してください。監督指導では、これらの書類の提出を求められます。記録がなければ「実施していない」と判断されるリスクがあります。

③ 柔軟な労働時間制度の導入を検討する

繁忙期と閑散期がある業種では、変形労働時間制やフレックスタイム制を導入することで、法令を守りながら効率的に業務をこなせる可能性があります。2026年9月以降は、働き方改革推進支援センターで無料相談・訪問支援が受けられますので積極的に活用してください。

5. まとめ

2026年9月1日からの労基署指導方針の転換は、「残業時間をとにかく短くする」から「従業員の健康を実質的に守る」方向への大きな転換です。

これまで「45時間以内にしなければ」と表面的に対応していた企業は、今後は「従業員が本当に健康で働けているか」という実態を問われることになります。

形式的な36協定の締結だけでなく、実質的な健康確保措置の実施と記録の整備が求められる時代へ。この機会に自社の36協定と労務管理を見直してみてください。

参考：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導の見直しについて」（2026年8月19日公表）